Unit Pelaksana Teknis Produksi Perikanan Budidaya Air Tawar (UPTPPBAT) Mentaos terdapat beberapa jenis komoditas ikan yang dibudidayakan dengan wadah pembudidayaan yang berbeda. Pembudidayaan induk pembenihan ikan nila tedapat dua kolam yang berbeda yaitu kolam beton dan kolam tanah. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis perbedaan struktur komunitas plankton serta kualitas air pada dua kolam induk pembenihan ikan nila yang berbeda.Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah metode observasi. Sampel yang digunakan adalah sampel plankton dan kualitas air yang dianalisa antara lain adalah pH, DO, suhu, kecerahan, ammoniak, nitrat dan fosfat. Analisis statistik yang digunakan adalah uji T.Hasil dari analisa perbedaan struktur komunitas fitoplankton pada stasiun I dan stasiun II menggunakan uji T menunjukkan bahwasanya pada kelimpahan (N) dan indeks dominasi (D) terdapat perbedaan, sedangkan pada indeks keanekaragaman (H’) dan indeks keseragaman (E) menunjukkan tidak adanya perbedaan. Hasil dari analisa perbedaan struktur komunitas zooplankton pada stasiun I dan stasiun II menggunakan uji T menunjukkan bahwasanya kelimphan (N) dan indeks dominasi (D) menunjukkan tidak adanya perbedaan sedangkan pada indeks keanekaragaman (H’) dan indeks keseragaman (E) menunjukkan adanya perbedaan.Seluruh parameter kualitas air yang dianalisa pada kolam beton dan kolam tanah induk pembenihan budidaya ikan nila UPTPBAT Mentaos pada penelitian sesuai dengan memenuhi kisaran optimum yang telah di tetapkan, kecuali DO pada stasiun I sampling ke-4 dan Fosfat pada stasiun I sampling ke-3 dan ke-4.