Kegiatan produksi ikan nila meningkat dan semakin intensif, sehingga muncul beberapa kendala dalam produksi ikan nila, seperti infeksi penyakit yang salah satunya disebabkan virus. Virus yang biasanya menyerang ikan nila adalah Tilapia Lake Virus (TiLV). TiLV dapat dideteksi menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Metode PCR atau reaksi berantai polimerase adalah metode enzimatis untuk melipatgandakan (amplification) secara eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu secara in vitro. Tujuan dalam penelitian adalah Mendeteksi adanya infeksi TiLV pada ikan nila yang matian massal di Kecamatan Karang Intan dan Kecamatan Aranio, Membandingkan gejala klinis dan non klinis ikan nila yang terinfeksi TILV dengan ikan nila yang sehat, Menganalisa bagaimana pengaruh kualitas air terhadap kematian ikan yang terjadi secara massal dengan mengukur kualitas air. Penelitian dilaksanakan pada laboratorium molekuler BKIPM Banjarmasin. Sampel yang dideteksi berjumlah 16 sampel. Berdasarkan hasil uji deteksi TiLV ditemukan  9 sampel yang terdeteksi positif TiLV yaitu pada sampel 1, 2 dan 3 di desa Awang Bangkal , sampel 1,2 dan 3 di desa Karang Intan, sampel 2 lokasi Sungai Landas, kemudian pada sampel 1 dan 3 desa Panyambaran dan pada sampel 3 lokasi Mali-Mali

Kata kunci : Gejala klinis, ikan nila, kualitas air, TiLV.