Clostridium perfringens merupakan jenis bakteri gram positif berbentuk batang dan anaerobik. Clostridium perfringens mengeluarkan enzim α-toksin, θ-toksin (PFO), dan kolagenase yang berperan dalam proses putrefaksi. Saat ini, beberapa senyawa metabolit sekunder dinilai memiliki aktivitas antibakteri dan dibuktikan oleh beberapa penelitian. Senyawa sesquiterpen gaharu (Aquilaria malaccensis L.) memiliki aktivitas antibakteri, senyawa yang dipilih adalah α-agarofuran, 10-epi-γ-eudesmol, dan agarospirol. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi senyawa gaharu tersebut dalam menghambat kerja enzim dan toksin yang dikeluarkan Clostridium perfringens. Pencarian senyawa melalui PubChem. Pencarian enzim dan toksin melalui RCSB database dan AlphaFold. Docking dilakukan menggunakan software AutoDock Vina. Hasil molecular docking didapatkan nilai binding affinity paling negatif pada agarospirol terhadap enzim kolagenase -7.0 Kcal/mol. Ketiga senyawa tersebut terhadap θ-toksin (PFO) dan kolagenase memiliki kesamaan residu asam amino pada ikatan hidrofobik yang berperan dalam menstabilkan ikatan. Kesimpulan didapatkan ketiga senyawa tidak memiliki potensi dalam menghambat α-toksin, tetapi memiliki potensi menjadi senyawa kandidat untuk menghambat kolagenase. Sedangkan yang dapat menjadi kandidat dalam menghambat θ-toksin (PFO) hanya senyawa 10-epi-γ-eudesmol dan agarospirol.