Eurycoma longifolia Jack (pasak bumi) memiliki aktivitas farmakologis seperti antioksidan, imunostimulan, dan afrodisiak, umumnya dikonsumsi masyarakat dalam bentuk rebusan sehingga fraksi air menjadi bentuk yang relevan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh pemberian fraksi air akar E. longifolia terhadap gambaran makropatologi dan histopatologi organ jantung, ginjal, dan hati mencit (Mus musculus). Penelitian ini menggunakan metode Acute Toxic Class dengan pemberian fraksi air dalam 2 dosis, yaitu 300 mg/kgBB dan 2000 mg/kgBB. Parameter yang diamati meliputi perubahan makroskopis (warna, konsistensi, dan berat organ relatif) serta gambaran histopatologi yang diamati dengan mikroskop perbesaran 20x. Hasil pengamatan makropatologi menunjukkan tidak terdapat perubahan konsistensi dan bobot organ relatif, namun ditemukan perubahan warna kehitaman pada satu mencit di masing-masing kelompok perlakuan. Pengamatan histopatologi menunjukkan kerusakan jaringan berupa peradangan akut disertai hemoragi ringan hingga sedang pada seluruh kelompok kontrol dan perlakuan. Kesimpulan dari penelitian ini adalah bahwa pemberian fraksi air akar E. longifolia tidak menyebabkan perubahan makropatologi dan histopatologi terhadap organ hati, ginjal, dan jantung mencit, meskipun secara mikroskopis ditemukan lesi ringan.