Karakteristik koloni dan sitologi mikroba merupakan salah satu materi mata kuliah Mikrobiologi. Telah dilakukan penelitian untuk mengeksplorasi dan mengidentifikasi koloni bakteri pada lumpur mangrove Desa Muara Kintap. Penelitian dilakukan dengan pendekatan deskriptif dengan pengambilan sampel tanah mangrove pada 3 titik yang berbeda. Hasil ragam koloni bakteri yang didapatkan kemudian diidentifikasi berdasarkan literatur mengenai sifat-sifat koloni bakteri dan dikembangkan menjadi bahan ajar berbentuk E-Handout sebagai bahan pengayaan mata kuliah Mikrobiologi. Pengembangan E-Handout dilakukan dengan model 4-D (Define, Design, Development, dan Dissemination). Hasil validasi oleh tiga orang validator menunjukkan persentase validasi materi sebesar 79,4% (cukup valid) dan validasi media sebesar 95% (sangat valid). Uji keterbacaan oleh 9 mahasiswa menunjukkan persentase sebesar 98,82% (sangat baik), sedangkan uji respon oleh 26 mahasiswa menunjukkan persentase sebesar 95,36% (sangat baik). Berdasarkan hasil tersebut, E-Handout yang dikembangkan dinyatakan layak digunakan sebagai media pembelajaran dalam mendukung pemahaman mahasiswa mengenai ragam koloni bakteri pada rizosfer tanaman mangrove.