Identifikasi molekuler berbasis DNA barcoding semakin penting dalam taksonomi dan konservasi, terutama untuk spesies ikan yang sulit dibedakan secara morfologis. Penggunaan metode non-invasif dengan pengambilan sampel lendir ikan berfungsi untuk melindungi populasi ikan dari kerusakan dan stres, serta memudahkan pengumpulan data di habitat alami. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan efektivitas dua metode ekstraksi DNA yaitu dari lendir ikan tidak bersisik, yaitu salt precipitation dan paper disc secara non-invasif di lapangan menggunakan lender ikan tidak bersisik, serta menilai kualitas DNA yang diperoleh untuk identifikasi spesies. Sampel lendir diambil langsung dari ikan tidak bersisik di tiga lokasi yang berbeda, kemudian diekstraksi menggunakan kedua metode tersebut. Analisis kuantitatif dan kualitatif dilakukan dengan spektrofotometer untuk mengukur konsentrasi dan kemurnian DNA, dan elektroforesis gel agarose digunakan untuk memvisualisasi pita DNA. Selanjutnya, DNA yang diekstraksi digunakan untuk amplifikasi menggunakan PCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tidak terdapat perbedaan efektivitas yang signifikan antara metode ekstraksi DNA dari lendir ikan menggunakan metode salt precipitation dan paper disc.  Hal ini  ditunjukkan oleh nilai signifikansi pada variabel konsentrasi DNA dan rasio kemurnian DNA A260/280 dan A260/230, dan hasil PCR (amplifikasi) yang secara statistic tidak berbeda  nyata.. Dengan demikian, kedua metode memiliki efektivitas yang setara dalam mengekstraksi DNA dari lendir ikan tidak bersisik dan dapat digunakan secara efektif untuk sekuensing DNA gen CO1 dari lendir ikan tidak bersisik.