Manggis (Garcinia spp.) dikenal sebagai tanaman buah yang memiliki keragaman yang bervariasi dengan total sekitar 400 spesies tersebar di seluruh dunia. Indonesia menjadi negara dengan produksi manggis tertinggi di Asia Tenggara, namun produksinya masih belum masif dibudidayakan sehingga diperlukan teknik pemuliaan tanaman untuk mengidentifikasi dan memperbanyak tanaman dengan sifat-sifat unggul. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan hubungan kekerabatan manggis dan kerabatnya (Garcinia spp.) menggunakan penanda DNA barcoding, yaitu gen maturase-K. Dua belas sampel Garcinia yang berasal dari Kab. Hulu Sungai Selatan dan Kota Banjarbaru, Kalimantan Selatan berhasil dikoleksi dan dilakukan karakterisasi secara molekuler. Hasil penelitian memperlihatkan bahwa Garcinia spp. memiliki keragaman genetik relatif rendah yakni sebesar 0,025 dan mengelompok ke dalam empat klad utama. Klad I terdiri atas enam spesies, klad II terdiri dari atas tiga spesies, klad III terdiri dari dua spesies, dan klad IV terdiri dari enam spesies Garcinia spp., serta dua spesies sebagai outgroup. Koefisien divergensi genetik menampilkan jarak genetik antar spesies Garcinia spp. sebesar 0,000 hingga 0,023. Sebanyak delapan spesies memiliki jarak genetik terendah (<0,001), diantaranya yakni G. mangostana (Balangan) dengan G. mangostana (Palembang), sedangkan jarak genetik terjauh (0,023) yakni G. latissima dengan G. parvifolia. Hasil penelitian ini diharapkan dapat memberikan manfaat dalam mendukung upaya konservasi dan kegiatan pemuliaan serta pelestarian manggis Garcinia spp. secara lokal maupun global.