Penegakan disiplin militer merupakan unsur penting dalam menjaga profesionalisme, ketertiban, dan efektivitas pelaksanaan tugas Tentara Nasional Indonesia (TNI), yang dalam praktiknya dilaksanakan melalui sistem hukum khusus berupa hukum militer dengan karakteristik hierarkis dan disipliner. Meskipun prajurit TNI tunduk pada hukum nasional dan asas persamaan di hadapan hukum, penanganan pelanggaran disiplin militer melibatkan berbagai aparat penegak hukum militer dengan kewenangan yang berbeda, seperti Komandan Kesatuan sebagai Atasan yang Berhak Menghukum (Ankum), Polisi Militer, Oditurat Militer, dan Pengadilan Militer, sehingga menimbulkan persoalan hukum terkait kejelasan hubungan kewenangan dan keabsahan prosedur hukum acara militer, khususnya dalam penanganan prajurit yang tidak diketahui keberadaannya (desersi). Penelitian ini merupakan penelitian hukum normatif dengan sifat deskriptif-analitis yang menggunakan pendekatan perundang-undangan dan pendekatan konseptual melalui penelaahan bahan hukum primer dan sekunder. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis hubungan kewenangan antar aparat penegak hukum militer dalam penyelesaian pelanggaran disiplin militer serta mengkaji mekanisme dan keabsahan prosedur hukum acara militer dalam menangani perkara desersi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Ankum memiliki peran sentral dalam penegakan disiplin militer sebagai perwujudan prinsip kesatuan komando, namun kewenangannya terbatas apabila perbuatan prajurit telah memenuhi unsur tindak pidana militer yang harus ditangani melalui sistem peradilan militer. Dalam perkara desersi, hukum acara militer memungkinkan dilakukannya persidangan secara in absentia sepanjang telah memenuhi syarat formal sesuai peraturan perundang-undangan, sehingga secara normatif hukum acara militer telah memiliki dasar hukum yang memadai, meskipun masih diperlukan konsistensi penerapan dan kejelasan batas kewenangan agar penegakan hukum militer berjalan secara adil, transparan, dan akuntabel.