Kompleksitas sengketa lingkungan hidup yang melibatkan pertimbangan ilmiah dan teknis yang signifikan menuntut adanya reformasi hukum acara, khususnya dalam pengaturan mekanisme pembuktian untuk membuktikan terjadinya pencemaran dan/atau kerusakan lingkungan hidup. Penelitian ini mengkaji sistem pembuktian dalam perkara Tata Usaha Negara lingkungan hidup berdasarkan Peraturan Mahkamah Agung (Perma) Nomor 1 Tahun 2023 tentang Pedoman Mengadili Perkara Lingkungan Hidup serta menganalisis kekuatan hukum alat bukti ilmiah dalam perkara tersebut.Penelitian ini bertujuan untuk menilai kerangka pembuktian yang berlaku dan kedudukan alat bukti ilmiah dalam proses peradilan administrasi lingkungan. Metode yang digunakan adalah penelitian hukum normatif dengan pendekatan perundang-undangan dan konseptual. Bahan hukum yang dianalisis meliputi bahan hukum primer, sekunder, dan tersier, termasuk Perma No. 1 Tahun 2023, Undang-Undang Peradilan Tata Usaha Negara, serta literatur terkait hukum lingkungan dan pembuktian, yang dianalisis secara kualitatif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Perma No. 1 Tahun 2023 memperluas sistem pembuktian dengan mengakui bukti ilmiah sebagai instrumen penting dalam menemukan kebenaran materiil serta mewajibkan hakim untuk secara aktif menilai metode ilmiah, meminta keterangan ahli, dan menerapkan asas kehati-hatian serta prinsip in dubio pro natura dalam kondisi ketidakpastian ilmiah. Namun demikian, peraturan tersebut belum mengatur standar teknis pembuktian secara komprehensif. Oleh karena itu, berlaku asas lex generalis dengan Undang-Undang Peradilan Tata Usaha Negara tetap menjadi rujukan utama yang menganut sistem pembuktian bebas terbatas dengan syarat minimal dua alat bukti berdasarkan keyakinan hakim. Penelitian ini menyimpulkan bahwa alat bukti ilmiah memiliki kedudukan penting namun tidak bersifat menentukan secara mutlak, karena kekuatan pembuktiannya bergantung pada penilaian hakim. Oleh sebab itu, diperlukan pedoman teknis yang lebih rinci serta peningkatan kapasitas hakim guna menjamin kepastian hukum dan perlindungan lingkungan hidup yang berkelanjutan.