Ageratum conyzoides L. atau yang dikenal dengan nama lokal bandotan merupakan tumbuhan herba yang dimanfaatkan secara tradisional sebagai obat. Kajian ilimiah mengenai potensi nya sebagai obat telah banyak dilakukan namun informasi mengenai distribusi metabolit sekunder pada setiap bagian organ tanaman masih terbatas. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi kandungan senyawa fitokimia secara kualitatif pada akar, batang, daun, dan bunga bandotan yang tumbuh di Kawasan Hutan Dengan Tujuan Khusus (KHDTK) Universitas Lambung Mangkurat. Sampel dikeringkan menjadi simplisia dan diekstraksi menggunakan metode maserasi dengan pelarut etanol 70%, kemudian dilakukan uji fitokimia terhadap alkaloid, flavonoid, tanin, saponin, triterpenoid, steroid, dan quinon. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada bagian akar mengandung semua jenis metabolit sekunder kecuali triterpenoid. Bagian batang dan daun mengandung metabolit sekunder yang sama yaitu flavonoid, saponin, dan triterpenoid, sedangkan bunga mengandung metabolit sekunder flavonoid, steroid, dan quinon. Dari ketujuh jenis metabolit sekunder, flavonoid merupakan metabolit sekunder yang terdeteksi pada seluruh bagian tanaman. Perbedaan distribusi metabolit sekunder antar bagian menunjukkan potensi pemanfaatan spesifik setiap bagian tanaman sebagai sumber bahan bioaktif dan mendukung pengembangan hasil hutan bukan kayu berbasis fitokimia.