Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis dapat atau tidaknya SHGB diterbitkan di perairan dan untuk menganalisis akibat hukum dari penyelesaian sengketa terkait dengan SHGB yang diterbitkan di perairan oleh Kementerian ATR/BPN dan pemegang HGB. Hasil dari penelitian ini diharapkan bisa memberikan sumbangan pemikiran kepada masyarakat dan Kementerian ATR/BPN yang sedang dalam sengketa agraria. Metode penelitian yang digunakan adalah penelitian hukum normatif. Hasil penelitian adalah, pertama SHGB dapat diberikan di perairan tetapi dengan syarat SHGB tersebut diberikan kepada masyarakat yang sudah mendirikan bangunan di sekitar perairan. Kedua, akibat hukum dari penyelesaian sengketa oleh Kementerian ATR/BPN, yaitu dapat diajukan gugatan oleh pihak  yang merasa dirugikan haknya atas keputusan tersebut. Akibat hukum dari penyelesaian sengketa terkait dengan pembatalan SHGB di perairan melalui PTUN tergantung pada putusan PTUN. Apabila putusan PTUN menyatakan gugatan keputusan tentang pembatalan SHGB dikabulkan. Maka status SHGB kembali kepada pemilik SHGB sebelumnya. Pihak pemegang HGB yang dibatalkan oleh Kementerian ATR/BPN dapat juga menggugat Menteri ATR/BPN dengan dasar gugatan PMH. Akibat hukum dari penyelesaian sengketa melalui PN terkait dengan SHGB di perairan yang dibatalkan Menteri ATR/BPN tergantung putusan PN. Apabila putusan PN menyatakan gugatan PMH dikabulkan. Maka pihak Menteri ATR/BPN harus membayar ganti rugi kepada pihak pemegang HGB di perairan yang dibatalkan.