Penyakit keriting kuning yang disebabkan oleh infeksi virus dari genus Begomovirus

(keluarga Geminiviridae) menjadi salah satu kendala utama dalam produksi semangka 

(Citrullus lanatus) di Indonesia khususnya Kalimantan Selatan. Gejala yang ditimbulkan 

mosaik kuning, daun berkerut, dan tanaman kerdil sering ditemukan di lapang, namun 

identifikasi visual saja tidak cukup untuk menentukan spesies virus secara akurat. Penelitian 

ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies Begomovirus yang menginfeksi tanaman 

semangka dengan teknik molekuler. Sampel daun tanaman semangka yang bergejala daun 

berkerut, mosaik, beberapa tanaman kerdil hingga mati, sempel tanaman diambil secara acak 

sebanyak 2 tanaman ditiap lokasi pertanaman semangka diwilayah kabupaten Tapin, Banjar, 

Hulu Sungai Selatan dan Tanah Laut. Identifikasi secara molekuler dilakukan dengan 

mengamplifikasi DNA hasil ekstraksi dengan Teknik PCR menggunakan primer universal 

Begomovirus SPG1dan SPG2 dan dilanjutkan dengan sekuensing dan analisis menggunakan 

Basic Local Alignment Tool (BLAST). Amplifikasi DNA dengan Teknik PCR berhasil 

teramplifikasi fragmen DNA dengan ukuran ±912 bp. Analisis Hal ini menunjukkan bahwa 

tanaman semangka positif terinfeksi Begomovirus. urutan nukleotida menunjukkan tingkat 

kemiripan pada Lokasi pertama yaitu Kabupaten Tapin 94,67%, Lokasi ke dua Kabupaten 

Banjar 95,13%, Lokasi ke tiga Kabupaten Hulu Sungai Selatan 95,33%, dan Lokasi ke empat 

Kabupaten Tanah Laut 95% dengan Squash leaf curl China virus (SLCCNV). Temuan ini 

menegaskan pentingnya pemantauan vektor Bemisia tabaci dan penggunaan varietas tahan 

untuk menekan penyebaran Begomovirus pada pertanaman semangka.