Situs Prasejarah danau Rawoijo terletak disebelah timur situs Bukit Bangkai, danau ini merupakan salah satu perairan yang diduga mengalami isolasi secara geografis sehingga diduga menimbulkan adaptasi yang mengakibatkan perbedaan seperti perbedaan morfologi dan susunan genetik. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis perbandingan morfologi dan profil protein ikan kihung (Channa lucius) asal Danau Rawoijo dan Kabupaten Banjar. Perbandingan morfologi ikan kihung dianalisis dengan cara mendeskripsikan penampakan morfologi serta perhitungan morfometrik dan meristik, kadar protein diukur dengan metode Lowry, sedangkan profil protein dianalisis menggunakan metode SDS-PAGE dan dielaborasi menggunakan metode UPGMA. Hasil pengamatan morfologi ikan kihung asal Danau Rawoijo mempunyai warna tubuh lebih cerah dan semua sirip tebal dengan corak beraturan, sedangkan ikan asal Kabupaten Banjar memiliki warna tubuh gelap kecoklatan, semua sirip tipis dengan corak yang tidak terlalu beraturan. Kadar protein optimum terlarut pada daging ikan kihung asal Rawoijo berturut-turut dari sampel 1; 2; 3; 4; 5 yaitu 2.117; 2.619; 2.931; 6.974; 7.601 mg/ml, sedangkan pada sampel asal Kabupaten Banjar berturut-turut yaitu 1.704; 2.874; 2.369; 1.532; 1.921 mg/ml. Dugaan protein yang berhasil diidentifikasi berdasarkan profil protein adalah protein protein Fructose-bisphosphate aldolase A, Aldolase, Phophoglycerate kinase, Creatine kinase, Enolase, Actinin, Glutamic dehydrogenase, protein Actin, Desmin, dan Albumin. Berdasarkan ekspresi band protein ikan asal Danau Rawoijo cendrung lebih tebal dibandingkan band protein ikan asal Kabupaten Banjar. Hasil konstruksi dendogram metode UPGMA memperlihatkan bahwa ikan kihung asal Kabupaten Banjar berkerabat lebih dekat dengan moyang dibandingkan ikan kihung asal Danau Rawoijo berdasarkan protein profil.

Kata kunci:Morfologi, Profil protein, Channa lucius, Isolasi geografi, Danau Rawoijo.