Suku Banjar banyak memanfatkan sungai beserta anak sungainya sebagai jalur transportasi, hal ini berpengaruh besar pada aktivitas dan pemukiman masyarakat. Kondisi air sungai saat ini mulai memburuk diakibatkan banyaknya limbah yang dibuang disungai tersebut. Ikan sapu-sapu adalah salah satu jenis ikan yang mampu hidup di perairan kotor dan berlumpur (dalam pengertian air tercemar) dan keberadaannya cukup melimpah. Mengantisipasi pengaruh negatif yang ditimbulkan terhadap pemanfaatan ikan sapu-sapu, maka perlu dilakukan penelitiankualitas protein dan logam berat (merkuri dan timbal) padadaging ikan sapu-sapu (Hyposarcus pardalis) dengan Lokasi Sungai Saka Permai dan Sungai Kemuning di Perairan Kalimantan Selatan, rancangan penelitian menggunakan Rancangan Acak Kelompok serta uji protein menggunakan metode Kjedahl dan logam berat menggunakan metode AAS (Atomic Absorption Spectrophotometer). Hasil penelitian menunjukan bahwa rerata kadar protein ikan sapu-sapu dilokasi A (Sungai Saka Permai) sebesar 16,615% dan dilokasi B (Sungai Kemuning) sebesar 17,14%. Rerata kadar logam berat merkuri dan timbal secara berurutan pada ikan sapu-sapu di lokasi A sebesar 0,22 mg/kg dan -5.35 mg/kg serta pada lokasi B sebesar 0,21 mg/kg dan -5.82 mg/kg. Hasil analisa sidik ragam kadar protein dan timbal pada daging ikan sapu-sapu menunjukan tidak berbeda nyata tetapi pada kadar merkuri berbeda nyata. Mengacu pada SNI 2009 untuk pangan hasil olahan ikan, kadar Hg dan Pb pada daging ikan sapu-sapu dikedua lokasi berbeda belum melewati ambang batas, yakni Hg 0,5 mg/kg dan Pb 0,3 mg/kg.

Kata  kunci : ikan sapu-sapu, protein, merkuri, timbal.