Protein merupakan salah satu makromolekul utama dan sumber energi bagi tubuh makhluk hidup. Fungsi protein juga untuk pertumbuhan dan perkembangan sel, jaringan maupun organ. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui kandungan protein pada daging, hati dan gonad ikan timpakul (Periophthalmodon schlosseri) berdasarkan kelompok berat badan dan perbedaan tempat pengambilan di Desa Kuala Lupak Kalimantan Selatan serta mengetahui korelasi kandungan protein dengan berat organ dan tempat pengambilan. Metode yang digunakan untuk analisis protein metode Kjeldahl dan metode Bradford. Kandungan protein pada organ ikan timpakul dari semua kelompok berat maupun tempat pengambilan, organ daging memiliki kandungan protein lebih tinggi dibandingkan organ hati dan gonad. Ikan timpakul diketahui tidak memiliki korelasi antara kandungan protein dengan berat organ dan tempat pengambilan. Ikan timpakul tidak memiliki perbedaan antara kandungan protein berdasarkan tempat pengambilan. Kandungan protein pada daging ikan timpakul lebih tinggi dibandingkan organ yang lain dikarenakan makanan ikan timpakul memiliki sumber protein yang tinggi, sehingga ikan ini mudah mendapatkan senyawa protein untuk pertumbuhan maupun menghasilkan energi. Hal ini didukung dengan adanya sarang dan aktivitas kepiting. Habitat ikan timpakul juga merupakan salah satu faktor lingkungan penting. Ikan timpakul yang hanya dapat ditemukan di lingkungan mangrove karena ketersediaan makanan di mangrove yang melimpah dan sesuai dengan kebutuhan nutrisi.

Kata kunci: protein, Periophthalmodon schlosseri, daging, hati, gonad