Air merupakan komponen penting bagi mahluk hidup. Ketersediaan air secara kualitas, kuantitas dan berkelanjutan merupakan hal yang penting. Semakin padatnya penduduk banyak terjadi pencemaran pada sumber air. Fitoplankton dapat dijadikan sebagai bioindikator kualitas air. Kelimpahan dan keragaman fitoplankton dipengaruhi oleh kualitas fisika-kimia perairan. Ekowisata, KJA dan penambangan pasir menjadi faktor perubahan kualitas perairan. Penelitian bertujuan untuk mempelajari struktur komunitas fitoplankton, mempelajari kualitas air, menganalisis hubungan kelimpahan fitoplankton dengan parameter kulitas air. Metode penelitian terdiri dari penentuan lokasi penelitian, pengambilan sampel fitoplankton dan air, identifikasi sampel fitoplankton, pengukuran parameter kualitas air, perhitungan kelimpahan fitoplankton dan analisis data. Struktur komunitas fitoplankton pada tiap stasiun berbeda, ditunjukkan dari komposisi fitoplankton kelimpahan, indeks keanekaragaman, keseragaman dan dominansi. Hasil penelitian ditemukan 6 kelas fitoplankton yaitu Cyanophyceae, Zygnematophyceae, Chlorophyceae, Chrysophyceae, Euglenophyceae dan Bacillarophyceae. Kelimpahan tertinggi di kawasan penambangan pasir sebesar 31.524 Sel/L. Kelimpahan terendah di kawasan KJA sebesar 24.939 Sel/. Berdasarkan data kualitas air, maka parameter suhu, pH, nitrat dan fosfat memenuhi syarat baku mutu air yang diizinkan. DO dan BOD tidak memenuhi persyaratan baku mutu air berdasarkan PP No. 22 Tahun 2021. Tidak terdapat hubungan antara kelimpahan fitoplankton dengan parameter kualitas air. Terdapat hubungan antara pH dengan suhu dan DO dengan nitrat serta BOD.