Matriks merupakan suatu susunan elemen-elemen yang disusun dalam bentuk baris dan kolom, konsep dari suatu matriks dapat digunakan dalam menyelesaikan suatu permasalahan yang terkait dalam kriptografi. Pada tahun 1929 seorang matematikawan yang bernama Lester Hill menciptakan suatu sistem kriptografi polialfabetik yang disebut Hill Cipher. Hill cipher merupakan algoritma yang dalam prosesnya menggunakan matriks berukuran ) sebagai matriks kuncinya. Dasar dari algoritmanya menggunakan perkalian matriks dalam membuat enkripsi dan kemudian mencari invers tersebut untuk melakukan dekripsinya.  Hill cipher klasik memiliki kelemahan, yakni operasi yang digunakan terbilang sederhana. Sedangkan pada saat ini, sering dijumpai kasus kejahatan dunia maya (cybercrime). Pada penelitian ini Hill Cipher klasik akan dimodifikasi dengan menggunakan matriks orthogonal sebagai matriks kuncinya, serta menambahkan beberapa operasi lain seperti transposisi, substitusi, dan pergeseran bit. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisa perbedaan algoritma kriptografi pada data (text) dengan menggunakan Hill Cipher klasik dan Hill Cipher yang telah dimodifikasi.  Penelitian ini dilakukan dengan melakukan proses enkripsi dan dekripsi pada Hill Cipher klasik dan Hill Cipher yang telah dimodifikasi dengan menggunakan data (text) yang serupa. Selanjutnya akan dilakukan simulasi menggunakan matlab sehingga dapat menggunakan data (text) dengan ukuran yang lebih besar. Pada Hill Cipher yang telah dimodifikasi terdapat tiga matriks kunci. Dua matriks kunci tambahan tersebut diperoleh pada proses substitusi dengan menggunakan Caesar Cipher dan saat proses pergeseran kiri-kanan. Adapun hasil yang diperoleh yaitu pada Hill Cipher yang telah dimodifikasimenggunakan sistem kriptografi asimetris, yaitu pada proses pergeseran kiri-kanan sehingga matriks kunci yang digunakan untuk enkripsi dan dekripsi berbeda. Karena menggunakan kunci yang berbeda pada proses enkripsi dan dekripsinya sehingga menambah tingkat kesulitan dalam memecahkan pesan tersebut.