Post-Translational Modification (PTM) atau yang disebut dengan modifikasi pasca-translasi merupakan mekanisme penting yang dibutuhkan dalam komponen protein, Modifikasi diperlukan untuk pertumbuhan sel, regulasi transkripsi, serta metabolisme yang dibutuhkan untuk kehidupan sehari-hari, Oleh karena itu perlu adanya metode komputasi (in silico) karena dapat mempercepat proses pengidentifikasian.Penelitian yang telah ada mengidentifikasi asetilasi lisin dengan menggunakan metode komputasi, salah satunya yaitu klasifikasi. Pada penelitian ini klasifikasi protein dimulai dengan mengekstraksi sekuens protein menjadi fitur numerik dengan deskriptor protein yang dalam penelitian ini menggunakan Amino Acid Compositionselanjutnya dilakukan segmentasi untuk menambah jumlah fitur sehingga kemudian data dirubah menjadi 1D dan 2D. Pada akhirnya klasifikasi protein dilakukan dengan metodeconvolutional neural network  yaitu 1D CNN dan 2D CNN. Penelitian ini memberikan hasil kinerja yang terbaik pada penggunaan metode2D CNN dibandingkan 1D CNN serta peningkatan akurasi yang didapatkan dari penggunaan segmentasi protein.