Manggis (Garcinia mangostana L.) merupakan salah satu produk alam bernilai ekspor dari Indonesia, sebagian besar ke Eropa dan Timur Tengah.Namun sampai saat ini pengembangan dan kualitas buah tersebut tergolong rendah. Penelitian ini bertujuan untuk mengarakterisasi plasma nutfah manggis dan kerabat liarnya (Garcinia spp.) menggunakan penanda genetik internal transcribed spacer (ITS). Sebanyak 12 sampel manggis berhasil dikoleksi dalam penelitian dan 92 sekuens ITS Garcinia spp. diperoleh dari Genbank sebagai pembanding. Karakterisasi molekuler yang dilakukan meliputi isolasi DNA, amplifikasi DNA dengan PCR (region ITS), visualisasi DNA dengan elektroforesis dan sequencing menggunakan metode Sanger. Analisis data dimulai dengan alignment sekuen gen ITS menggunakan software MEGA 11, analisis variasi genetik, rekonstruksi pohon filogenetik dan struktur sekunder gen tersebut. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Garcinia spp. memiliki nilai keanekaragaman genetik (????) sebesar 0,086. Jumlah klad hasil rekonstruksi filogenetik dari Garcinia spp. yang digunakan dalam penelitian ini terbagi menjadi 7 klad, ada yang mengelompok berbeda dengan materi genetik lain yang diperoleh dari Genbank dan ada pula yang dikelompokkan ke dalam klad yang sama pada tingkat intraspesies. Struktur sekunder ITS Garcinia spp. yang digunakan dalam penelitian memiliki struktur sekunder region ITS dengan pola “four fingered hand”. Karakterisasi genetik Garcinia spp. berperan penting dalam pemuliaan tanaman karena membantu mengidentifikasi dan memilih gen-gen yang bertanggung jawab atas sifat-sifat unggul yang diinginkan pemulia tanaman untuk dikembangkan lebih lanjut baik melalui pemuliaan selektif ataupun rekayasa genetika.