Eksploitasi berlebihan terhadap ikan Channa di Kalimantan Selatan menimbulkan kekhawatiran serius mengingat pentingnya peran ikan tersebut sebagai sumber pangan dan pendorong ekonomi dalam masyarakat setempat. Untuk memastikan ketersediaan ikan Channa dalam jumlah yang memadai, diperlukan adanya strategi konservasi. Perumusan strategi konservasi memerlukan satu aspek penting, yaitu kepastian taksonomi spesies ikan Channa yang dapat dilakukan melalui analisis kekerabatan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis hubungan kekerabatan ikan dari genus Channa asal Kalimantan Selatan berdasarkan penanda molekuler gen COI. Sekuens gen COI dari lima spesies ikan Channa asal Kalimantan Selatan (C. striata, C. micropeltes, C. pleurophthalma, C. lucius dan C. bankanensis) dikumpulkan dengan metode DNA barcoding, kemudian dilakukan rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan metode maximum likelihood dan model Kimura 2-parameter, serta pembuatan matriks jarak genetik (pairwise distance). Hasil yang didapatkan yaitu ikan Channa asal Kalimantan Selatan terbagi atas tiga klad: klad I (C. striata), klad II (C. micropeltes dan C. pleurophthalma), dan klad III (C. lucius dan C. bankanensis). Disimpulkan bahwa penelitian yang dilakukan telah berhasil memberikan kepastian taksonomi serta mengungkapkan kekerabatan spesies-spesies ikan Channa di Kalimantan Selatan.

Kata kunci: Channa, COI, DNA barcoding, Filogenetik.