Kurangnya media pembelajaran kimia yang dapat diakses secara online khususnya pada materi hukum dasar kimia mengakibatkan peserta didik kurang tertarik pada pembelajaran dalam mengembangkan kemampuan berpikir kritis dan literasi sains. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menghasilkan media pembelajaran yang valid, praktis dan efektif sehingga layak untuk meningkatkan kemampuan berpikir kritis dan literasi sains peserta didik. Produk yang dikembangkan adalah e-modul dengan model problem based learning berbantuan FlipHTML5 dalam bentuk flipbook. Penelitian ini termasuk dalam penelitian pengembangan dengan model ADDIE. Subjek uji coba penelitian ini adalah 37 peserta didik kelas X-I dan 38 peserta didik kelas X-J Sekolah Penggerak SMA Negeri 5 Banjarmasin. Teknik pengumpulan data menggunakan instrumen validasi media, angket, lembar observasi dan instrumen tes. Hasil pengembangan melalui tahapan analisis, desain, pengembangan, implementasi, dan evaluasi menujukkan: (1) Kevalidan ditinjau dari aspek isi, penyajian, bahasa, dan media sangat valid dengan penilaian sebesar 88,60%, (2) Kepraktisan ditinjau dari angket dan lembar observasi sangat praktis dengan penilaian sebesar 85,50%, (3) Keefektivan ditinjau dari N-gain kemampuan berpikir kritis dengan penilaian 0,80 dan kemampuan literasi sains dengan penilaian 0,77 termasuk efektif dengan penilaian efektivitas 78,89%. Dapat disimpulkan bahwa e-modul yang dikembangkan valid, praktis, dan efektif untuk meningkatkan kemampuan berpikir kritis dan literasi sains peserta didik.