Stunting pada Balita merupakan kondisi gagal tumbuh akibat malnutrisi yang berlangsung lama. Faktor-faktor yang berperan dalam stunting diantaranya kualitas air dan kepemilikan jamban. Air yang terkontaminasi dan jamban yang tidak sehat dapat menyebabkan diare dan gangguan penyerapan nutrisi. Penelitian ini bertujuan  menganalisis hubungan antara penggunaan air dan kepemilikan jamban dengan kejadian stunting. Metode yang digunakan adalah observasional analitik dengan desain case control dan analisis data menggunakan uji Chi square. Teknik pengambilan sampel dalam penelitian ini adalah incidental sampling. Sampel penelitian terdiri dari 130 ibu yang memiliki anak Balita, 65 ibu pada kelompok kasus dan 65 ibu pada kelompok kontrol. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 104 keluarga menggunakan air tidak bersih dengan 51 anak stunting dan 53 anak tidak, dan 26 keluarga menggunakan air bersih dengan 14 anak stunting dan 12 tidak. Untuk kepemilikan jamban, 93 keluarga memiliki jamban tidak sehat dengan 55 anak stunting dan 38 tidak dan 37 keluarga memiliki jamban sehat dengan 10 anak stunting dan 27 tidak. Hasil uji Chi square menunjukkan bahwa tidak terdapat hubungan signifikan antara penggunaan air dan kejadian stunting (p = 0,661), sedangkan terdapat hubungan signifikan antara kepemilikan jamban dan kejadian stunting (p = 0,001). Kesimpulan, kualitas air tidak berhubungan langsung dengan kejadian stunting namun kepemilikan jamban yang sehat berperan penting dalam mencegah stuntingpada Balita.