Karamunting (Melastoma malabathricum L.) merupakan tumbuhan liar yang melimpah dan mudah ditemukan. Karakterisasi struktur anatomis dan histokimia pada karamunting perlu dilakukan untuk mengetahui manfaat medisinal pada karamunting. Pembuatan preparat anatomis dilakukan menggunakan free hand section dengan pewarna safranin 0.5%, sedangkan pengamatan distribusi senyawa flavonoid dan tanin dilakukan dengan uji histokimia menggunakan reagen NaOH 5% dan FeCl3 5%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa struktur anatomis batang karamunting terdiri atas epidermis, floem, xilem, ruang sekresi, korteks, empulur, butir amilum, sel kristal, perisikel dan trikoma. Struktur anatomis daun terdiri dari kutikula, epidermis atas, epidermis bawah, hipodermis parenkim palisade, parenkim spons, berkas vaskular, berkas vaskuler, kolenkim, sklerenkim, parenkim ibu tulang daun, dan trikoma. Struktur anatomis mahkota bunga karamunting terdiri dari epidermis atas, epidermis bawah, parenkim, dan berkas vaskuler. Senyawa flavonoid di batang karamunting tersebar pada jaringan epidermis, berkas vaskuler, empulur, trikoma, perisikel, ruang sekresi, dan korteks. Senyawa flavonoid di daun karamunting tersebar di jaringan epidermis, mesofil, berkas vaskuler, jaringan penyokong, dan trikoma. Senyawa flavonoid di mahkota bunga karamunting tersebar di epidermis, mesofil, dan berkas vaskuler. Senyawa tanin memiliki pola distribusi serupa dengan senyawa flavonoid pada organ batang, daun, dan mahkota bunga.

Kata kunci: anatomi, flavonoid, histokimia, Melastoma malabathricum L., tanin