Penyakit menular merupakan penyakit yang menyebar dari satu individu ke individu lainnya melalui berbagai media, dan sering kali disebabkan oleh mikroorganisme seperti bakteri, virus, parasit, ataupun jamur. Beberapa mikroorganisme ini dapat bermutasi membentuk strain baru yang lebih resisten terhadap obat. Amplifikasi adalah proses dimana strain yang sensitif terhadap obat bermutasi menjadi strain resisten, sehingga memperburuk penularan penyakit. Pada penelitian ini dibahas tentang model matematika penyakit menular dengan dua strain dan mengakomodir terjadinya amplifikasi. Tujuan dari penelitian ini adalah menjelaskan pembentukan model matematika, menentukan titik ekuilibrium, menentukan bilangan reproduksi dasar, menganalisis kestabilan model, melakukan analisis sensitivitas, serta melakukan simulasi numerik. Adapun metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah Next Generation Matrix, linearisasi, dan metode Runge-Kutta orde empat. Hasil dari penelitian ini adalah terbentuknya model penyakit menular dengan dua strain dan mengakomodir amplifikasi. Dari model yang terbentuk, diperoleh tiga titik ekuilibrium, yaitu: titik ekuilibrium bebas penyakit, titik ekuilibrium endemik monoeksistensi, dan titik ekuilibrium endemik koeksistensi, serta diperoleh dua bilangan reproduksi dasar untuk masing-masing strain. Selain itu, diperoleh ketiga titik ekuilibrium stabil asimtotik, disertai syarat masing-masing. Analisis sensitivitas dari kedua bilangan reproduksi dasar diperoleh bahwa setiap parameter memberikan pengaruh yang bervariasi terhadap bilangan reproduksi dasar masing-masing strain. Analisis-analisis ini kemudian juga diperkuat dengan hasil simulasi numerik.