Karamunting (Rhodomyrtus tomentosa) merupakan tumbuhan liar bernilai farmakologis dan ekologis, namun belum banyak dikarakterisasi secara molekuler. Penelitian ini menggunakan metode DNA barcoding untuk mengidentifikasi spesies ini berdasarkan gen ITS, matK, trnL-F, dan rbcL. Daun dikoleksi dari tiga lokasi di Banjarbaru, diekstraksi dengan metode CTAB modifikasi, lalu diamplifikasi dan sequencing menggunakan metode Sanger. Analisis dilakukan dengan MEGA-11, Sequence Scanner, dan BLAST. Semua gen berhasil diamplifikasi, dengan ITS dan matK menghasilkan kualitas sequence tertinggi (QV > 97%). ITS memiliki variasi genetik paling tinggi, sementara rbcL paling konservatif. Hasil filogenetik menunjukkan ITS dan trnL-F mampu memisahkan spesies dengan jelas dan nilai bootstrap tinggi. Kedua gen ini direkomendasikan sebagai penanda utama dalam identifikasi molekuler R. tomentosa, dengan matK dan rbcL sebagai penanda tambahan.

Kata kunci: DNA barcoding, Ekstraksi DNA, Filogenetik, Identifikasi molekuler, Rhodomyrtus tomentosa