Pembelajaran biologi pada materi sistem gerak manusia masih menghadapi kendala yang menyebabkan hasil belajar yang dicapai belum optimal. Keterbatasan bahan ajar dari segi tampilan dan isi menjadi kendala dalam proses pembelajaran. E-handout berbasis Flip HTML5 merupakan bahan ajar flipbook bersifat digital yang dibutuhkan di era modern karena relevan dengan tuntutan pembelajaran abad ke-21. Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan hasil eksplorasi, uji formatif (kevalidan dan keterbacaan), dan keefektifan terhadap pengembangan e-handout berbasis Flip HTML5 materi sistem gerak manusia menggunakan model PBL untuk meningkatkan hasil belajar siswa kelas XI SMA. Penelitian dan pengembangan ini menggunakan model 4D yang dilakukan sampai tahap disseminate terbatas. Subjek dalam penelitian ini adalah 2 orang ahli untuk uji validasi media dan validasi materi, 9 orang siswa kelas XI untuk uji keterbacaan, dan 1 kelas yang terdiri dari 36 siswa untuk uji keefektifan dan implementasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa e-handout berbasis Flip HTML5 materi sistem gerak manusia menggunakan model PBL untuk siswa kelas XI SMA yang dikembangkan memperoleh nilai validitas 91,43% yang tergolong sangat valid dan nilai keterbacaan 88,62% yang tergolong sangat praktis. E-handout Flip HTML dinyatakan efektif dan mampu meningkatkan hasil belajar siswa, dengan skor kognitif 0,6 (sedang).