Ikan nila (Oreochromis niloticus) memiliki peran penting dalam mendukung perekonomian dan ketahanan pangan nasional. Spesies ini tidak hanya diproduksi melalui sistem budidaya, tetapi juga telah berkembang dan membentuk populasi di perairan alami seperti Waduk Riam Kanan. Fase benih merupakan tahapan yang rentan terhadap serangan ektoparasit, sehingga baik ikan nila budidaya maupun tangkapan alam memiliki potensi mengalami infeksi parasit yang dapat memengaruhi kesehatan dan pertumbuhannya. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jenis-jenis ektoparasit serta menentukan tingkat prevalensi dan intensitas infeksi pada benih ikan nila dari tangkapan alam dan budidaya. Penelitian ini menggunakan metode deskriptif kuantitatif dengan teknik pengambilan sampel ikan secara simple random sampling. Sampel diambil dari dua lokasi berbeda dengan masing-masing lokasi sebanyak 30 ekor ikan. Pemeriksaan dilakukan dengan menggunakan metode scrapping skin dan biopsi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada benih ikan nila dari tangkapan alam dan budidaya ditemukan dua jenis ektoparasit, yaitu Trichodina sp. dan Dactylogyrus sp. Benih ikan nila tangkapan alam di dominasi oleh Dactylogyrus sp. dengan prevalensi 83,3% dan intensitas 6,4 individu/ekor, sedangkan pada benih ikan nila budidaya didominasi oleh Trichodina sp. dengan prevalensi 100% dan intensitas 42,7 individu/ekor.