Rendahnya kemampuan berpikir kritis siswa pada materi sistem ekskresi menunjukkan perlunya pengembangan media pembelajaran yang menarik, interaktif, dan mampu memfasilitasi pemahaman konsep secara mendalam. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui validitas, kepraktisan, dan efektivitas E-komik edukatif interaktif berbasis deep learning dalam meningkatkan kemampuan berpikir kritis siswa kelas XI SMA pada materi sistem ekskresi. Penelitian ini merupakan penelitian dan pengembangan (Research and Development) dengan menggunakan model ADDIE yang meliputi tahap Analysis, Design, Development, Implementation, dan Evaluation. Validitas produk dinilai oleh ahli media, ahli materi, dan ahli desain, sedangkan kepraktisannya dinilai oleh 17 siswa kelas XI SMAN 1 Alalak. Efektivitas media dianalisis menggunakan uji Mann–Whitney dan perhitungan N-Gain berdasarkan hasil pretest dan posttest pada kelas eksperimen dan kelas kontrol. Hasil penelitian menunjukkan bahwa e-komik memperoleh kategori sangat valid dengan skor validitas ahli media sebesar 4,49, ahli materi 4,48, dan ahli desain 4,50. Kepraktisan media memperoleh persentase 89,42% dengan kategori sangat praktis. Hasil uji Mann–Whitney menunjukkan nilai signifikansi 0,000 (<0,05) yang mengindikasikan adanya perbedaan yang signifikan antara hasil posttest kelas eksperimen dan kelas kontrol, dan untuk nilai rata-rata N-Gain kelas eksperimen sebesar 0,84 (tinggi) dan kelas kontrol sebesar 0,64 (sedang). Dengan demikian, E-komik  dinyatakan sangat valid, sangat praktis, dan efektif untuk meningkatkan kemampuan berpikir kritis siswa pada materi sistem ekskresi.