Artocarpus merupakan salah satu genus penting dalam famili Moraceae yang memiliki nilai ekologis, ekonomis, dan farmakologis, namun sebagian spesiesnya mulai terancam akibat deforestasi. Informasi mengenai keragaman serta hubungan kekerabatan genetik plasma nutfah Artocarpus di Kalimantan Selatan masih sangat terbatas, padahal data tersebut sangat penting untuk mendukung upaya konservasi dan pemuliaan tanaman. Penanda molekuler DNA, seperti trnL-F menawarkan pendekatan yang lebih akurat dibandingkan penanda morfologis karena bersifat stabil dan tidak dipengaruhi lingkungan. Tujuan penelitian ini adalah menentukan keragaman dan hubungan kekerabatan genetik Artocarpus di Kalimantan Selatan berdasarkan penanda molekuler trnL-F. Penelitian dilakukan secara eksploratif melalui tiga tahapan utama, yaitu koleksi sampel, karakterisasi molekuler, dan analisis data. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sekuen Artocarpus pada region trnL-Fdi Kalimantan Selatan memiliki tingkat keragaman genetik yang tergolong rendah dengan nilai keragaman nukleotida (π) sebesar 0,00925. Analisis filogenetik menunjukkan hasil yang terbagi ke dalam empat klad utama. Hubungan kekerabatan terdekat ditunjukkan oleh Artocarpus kemando dan Artocarpus teysmannii dengan koefisien divergensi genetik sebesar 0,001, sedangkan hubungan kekerabatan terjauh ditunjukkan oleh Artocarpus camansi dan Artocarpus sp. (Halong) dengan koefisien divergensi genetik sebesar 0,023. Informasi tersebut diharapkan dapat menjadi dasar ilmiah dalam mendukung upaya konservasi serta program pemuliaan Artocarpus di masa mendatang.